بعد محاولة نيرف الفاشلة لاستعادة رماح لونجينوس وتنفيذ مشروع الوسيلة البشرية، تم تجنب الدمار الناجم عن الاصطدام الرابع إلى حد كبير. في حالة من الفوضى، يسافر شينجي إيكاري وأسوكا لانجلي شيكينامي وري أيانامي إلى القرية 3 - وهي مستوطنة ناجية خالية من دمار الأرض. هناك، يتصالح شينجي ببطء مع ماضيه، ويطور حياة مختلفة تمامًا عن أيامه كطيار إيفانجيليون. في هذه الأثناء، تقوم نيرف بالتحضيرات لمواصلة مشروع الواسطة عن طريق التأثير الجديد. عندما وصلت سفينة ويلي الحربية الجوية الرئيسية إلى القرية، قرر شينجي الصعود على متنها، معتقدًا أنه يستطيع المساعدة من خلال قيادة إيفانجيليون. مع اكتشاف أسرار جديدة واقتراب المعركة بين ويلي ونيرف، أصبح مستقبل الأرض على المحك. هل يستطيع شينجي إنقاذ البشرية وبقية العالم للمرة الأخيرة؟ [كتبه MAL إعادة كتابة]